维吾尔医学院的前身是2006年成立的维吾尔医药系，开办维医学专业本科教育，并于当年招生。2012年4月，维吾尔医药系更名为维吾尔医学院。2012年9月，维医学作为中医学的二级学科招收硕士研究生。
学院下设综合管理办公室、教学科研办公室（教师发展中心）、学生管理工作办公室、维医基础教研室、维医临床教研室和实验中心6个部门。现有1个自治区级“劳模工匠创新人才工作室，1个校级“双带头人”党支部。
学院拥有一支志在“用胡杨精神育人 为兴疆固边服务”的师资团队，有专任教师14人，外聘教师27人，实验教辅教师2人。2人荣获全国“五一”奖章，2人荣获全国民族医药先进工作者，1人获得自治区级教学名师，1人获得校级教学能手。
维医学在临床实践中对心血管疾病、皮肤病、妇科疾病等具有特色诊疗方法和显著疗效。学院依托我校良好的教学、科研环境大力发展维医学专业，现拥有5所维医学专业教学医院，1所产学研教学基地。
学院现有在研国家级、省部级、厅局级项目8项，资助科研经费220万。
学院秉承立德树人、为党育人、为国育才的教育理念，立志为边疆医疗卫生事业培养一批热爱传统医学，具备良好的职业道德、综合素质、传承创新能力及终身学习能力的应用型医学人才。本专业毕业学生不但需要掌握必要的现代医学知识技能，还需要了解中华传统医药发展源流，熟练掌握维医学特色理论和诊疗技术。学院在校生272人，近三年平均就业率为96.9%，毕业生现已成为天山南北民族医药事业的中坚力量。
